El Virus de la Enfermedad de la Bursa de Fabricio (IBDV) está ampliamente distribuido. Su genoma segmentado le permite recombinar segmentos y así prevalecer de mejor forma en el ambiente. El Objetivo del presente trabajo es caracterizar el IBDV obtenido desde un caso clínico de aves de reposición de postura comercial y compararlo con los virus previamente obtenidos en Chile. Se recibieron 5 pollitas de reposición (5 semanas) en el Laboratorio de Patología Aviar de la Universidad de Chile (LPA). Se tomaron muestras de Bursa de Fabricio presentando inflamación, se congelaron/descongelaron 3 veces, se centrifugaron y se obtuvo el sobrenadante. La extracción de RNA y la RT-PCR para los segmentos VP1 y VP2 fue realizada con kits comerciales con partidores previamente publicados por la OMSA. El protocolo usado fue: 2 min at 94 °C, 40 ciclos de 1 min a 94 °C, 30 s a 61 °C, 45 s a 72 °C; una extensión final a 72 °C por 10 min. Los productos de PCR fueron purificados desde el gel de Agarosa donde fueron visualizados, y secuenciados en Macrogen, Corea. Las secuencias de VP1 y VP2 fueron ensambladas con el software Bioedit v 7.2.5. Se construyeron datasets con secuencias de todos los genogrupos de IBDV, considerando secuencias de virus chilenos previamente publicados. Los datasets fueron alineados utilizando el programa Mafft v.7.2., el mejor modelo de sustitución nucleotídica fue escogido con el programa JModelTest v.2.1.7. Se construyeron árboles filogenéticos con la plataforma PhyML 3.0, respaldando los nodos con 1000 transfer bootstrap. Los árboles fueron visualizados y editados usando el programa FigTree v.1.4.4.El virus aislado y secuenciado en este trabajo resultó ser clasificado en el genogrupo A3B5, lo que es considerado como un virus very virulent de acuerdo con su secuencia VP2 (A3), y agrupado con un clado de virus provenientes de Nigeria de acuerdo a su secuencia VP1 (B5). Este genogrupo difiere de lo descrito anteriormente para Chile, donde hasta el momento sólo había virus A1B1 y A2B1, en el primer caso correspondiendo a una cepa clásica, mientras que en el segundo caso a una cepa variante de USA, de acuerdo con sus secuencias VP2 (fig.1). Estos resultados reflejan la capacidad de evolución del IBDV y su adaptación para prevalecer en el ambiente. Es necesario mantener una vigilancia epidemiológica activa del IBDV, y en el corto plazo evaluar la protectividad que otorgan las vacunas actualmente en uso para ajustar los esquemas en las granjas.
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Molecular epidemiology of the infectious bronchitis virus in Uruguay
El virus de la bronquitis infecciosa (IBV) es causante de la bronquitis infecciosa, una de las enfermedades económicamente más importantes que afectan a la industria avícola mundial. La gran variabilidad genómica del IBV es consecuencia de altas tasas de mutación y eventos de recombinación seguidos de selección. La región codificante de la porción S1 de la Glicoproteína de Superficie presenta la más alta variabilidad, por lo que es utilizada ampliamente para la clasificación genética del IBV en genotipos y linajes. Desde hace 15 años, nuestro laboratorio se ha enfocado en diagnosticar y caracterizar las cepas de IBV circulantes en nuestro país. Los diagnósticos fueron realizados por RT-qPCR, la caracterización genética primaria de las cepas por secuenciación Sanger de la región codificante de S1, mientras que la caracterización genómica la realizamos mediante secuenciación NGS Illumina. Un único brote del linaje GI-16 fue detectado el año 2009. El linaje GI-16 surgió alrededor de 1979 en Europa o Asia, y ha tenido una gran distribución a nivel mundial. En el período 2010-2022 únicamente detectamos cepas del linaje GI-11 circulando en la industria avícola de nuestro país. El linaje GI-11, que se encuentra exclusivamente en Sudamérica, surgió en la década de 1950 y por muchos años fue el linaje predominante en Uruguay, al igual que en Brasil. En el año 2022 comenzamos a detectar cepas del linaje GI-23. Este linaje preocupante, asociado a casos de la enfermedad grave, surgió en Medio Oriente y se ha propagado a la avicultura comercial en todo el mundo desde los años 2000, inclusive en Brasil que ha reportado un aumento de brotes de GI-23 desde el año 2021. El análisis de los genomas completos de estos tres linajes detectados en Uruguay y su comparación con genomas disponibles a nivel regional y mundial revela una historia de recombinación compleja del IBV en el continente. Para comprender profundamente el patrón de variabilidad genética y la historia evolutiva de las variantes de IBV en Uruguay es necesario un muestreo geográfico y temporal más amplio.
